Аниме основано на одноименной игре и рассказывает о далеком будущем, где человечество было вынуждено покинуть Землю из-за вторжения инопланетных машин. На Луне люди создали армию боевых андроидов под названием YoRHa, которые должны сражаться с захватчиками и вернуть родную планету. Сюжет фокусируется на двух андроидах - 2B и 9S, которые выполняют различные миссии на Земле и постепенно раскрывают тайны этого мира.
