Сериал «Тёмные воды» рассказывает историю Ксении, которая поступила в педагогический институт, где знакомилась с Дмитрием. Их стремительный роман закончился неожиданной беременностью Ксюши. Дмитрий, по совету своей матери, решил уехать в Москву и продолжить учебу там. Он обещал вернуться за Ксенией и ребенком, но так и не сделал этого.
Ксения осталась одна с ребенком, без денег, без жилья, без поддержки. Ее родители отвернулись от нее, считая ее позором для семьи. Ее подруги тоже отдалились от нее, занятые своими проблемами. Ксения не могла найти работу из-за своего положения. Она не видела выхода из своей ситуации.