Сериал повествует о работе и личной жизни специальных агентов Федерального Бюро Расследований Фокса Малдера (Дэвид Духовны) и Даны Скалли (Джиллиан Андерсон), которые занимаются расследованием дел, связанных с паранормальными явлениями и заговорами. Малдер - талантливый сыщик, твёрдо верящий во всё сверхъестественное, в том числе в существование разумной внеземной жизни и её присутствие на планете Земля. Его мотивация частично связана с похищением его младшей сестры Саманты пришельцами, когда он был ребенком. Скалли - опытный врач-скептик, которая считает, что любые «паранормальные» явления имеют логическое объяснение. Она изначально назначена партнером Малдера для контроля над его работой, но со временем становится его близким другом и союзником. Вместе они сталкиваются с различными опасностями и тайнами, связанными с правительственным покровительством над инопланетянами.
