Сюжет мультсериала развивается между фильмами Трон 1982 года и Трон: Наследие 2010 года. Он показывает, что произошло в Сети после того, как Клу предал своего создателя Кевина Флинна и одолел Трона, главного защитника цифрового мира. Когда Клу начинает уничтожать программы, которые не соответствуют его представлениям о совершенстве, в Сети появляется новая надежда - Бек (Элайджа Вуд), юная программа, работающая механиком в городе Аргон. Бек решает бросить вызов Клу и его приспешникам, в частности генералу Теслеру (Лэнс Хенриксен), который контролирует Аргон. Бек принимает ношу имени Трона (Брюс Бокслайтнер) и становится защитником своего города и Сети. Он также находит наставника в лице самого Трона, который долго считался погибшим, но на самом деле скрывался от Клу. Трон обучает Бека боевому искусству и помогает ему собрать команду единомышленников: Зеда (Нэйт Корддри), друга Бека и механика; Мары (Эммануэль Шрики), подруги Зеда и дизайнера; Пэйдж (Триша Хелфер), бывшей программы-медика, которая перешла на сторону Клу; Абеля (Регги Уоттс), старого друга Трона; Павела (Пол Рубенс), правой руки Теслера; и других.
