Сюжет сериала разворачивается вокруг космической станции «Дальний космос 9», которая изначально принадлежала Кардассии, но была передана Федерации после окончания оккупации Баджора — планеты, находящейся неподалеку от станции. Федерация назначает командиром станции Бенджамина Сиско, который переживает трагедию — его жена погибла в битве с Боргами. Сиско прибывает на станцию вместе со своим сыном Джейком (Сирок Лофтон) и знакомится с другими членами экипажа: первым офицером Кирой Нерис (Нана Визитор) — бывшей баджорской партизанкой, главным инженером Майлзом О’Брайеном (Колм Мини) — переведенным с «Энтерпрайза», научным офицером Джадзией Дакс (Терри Фаррелл) — трансплантатом с древним симбионтом внутри, доктором Джулианом Баширом (Александр Сиддиг) — молодым и амбициозным медиком, и Одо (Рене Обержонуа) — секретарем безопасности и метаморфом. На станции также живут и работают разные представители других рас, в том числе ференгский торговец Кварк (Армин Шимерман), его брат Ром (Макс Гроденчик) и племянник Ног (Арон Айзенберг), кардассианский хвост Рун (Эндрю Робинсон), баджорский религиозный лидер Ведек Барейл (Филип Энглиш) и другие.
